Zuständig für die Führung der aktiven Wehr sind die Kommandanten. Sie zeichnen sich verantwortlich für Organisation, Ausbildung, Übungsbetrieb und die Einsatzbereitschaft der Feuerwehr.

Kommandant der Freiwilligen Feuerwehr Haundorf ist Martin Metzger. Die Stellvertretende Kommandantin ist Franziska Fenn. Zurzeit hat die Freiwillige Feuerwehr Haundorf drei Gruppen.